Марқакөл өңірінің өсімдіктер әлемі көз тартар әсемдігімен ғана емес, сирек кездесетін түрлерімен де ерекше.
Солардың бірі — Келлер поповнигі (Pyrethrum kelleri). Бұл — Оңтүстік Алтайда ғана кездесетін реликті эндемик, Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген аса сирек өсімдіктердің бірі. Оның таралу аумағы өте шектеулі.
Марқакөл табиғатында кездесетін тағы бір ерекше өсімдік — ашық құндызшөп (сон-трава). Күлгін түсті, сыртын нәзік түктер көмкерген бұл гүл көктемгі табиғатқа ерекше реңк береді.
