Бақылау басқармасы құрылымы: ведомстволық бағынысты органдар мен ұйымдар.
Қазақстан Республикасының Су ресурстары және ирригация министрлігі су қорын пайдалану және қорғау, сумен жабдықтау, су бұру және ирригация аясындағы бақылау салаларында мемлекеттік саясатты қалыптастыруда және іске асыруда, басқару процестерін үйлестіруде басшылықты жүзеге асыратын Қазақстан Республикасының мемлекеттік органы болып табылады. Министрліктің мынадай ведомстволары бар: Қазақстан Республикасы Су ресурстары және ирригация министрлігінің Су шаруашылығы комитеті; Қазақстан Республикасы Су ресурстары және ирригация министрлігінің Су ресурстарын реттеу, қорғау және пайдалану комитеті.
