Структура — Департамент по защите государственных секретов и мобилизационной подготовки

Министерство является государственным органом Республики Казахстан, осуществляющим руководство в сферах железнодорожного, автомобильного, внутреннего водного транспорта; торгового мореплавания; в области использования воздушного пространства Республики Казахстан и деятельности гражданской и экспериментальной авиации; естественных монополий в области услуг аэронавигации и аэропортов; общественно значимых рынков в области услуг аэропортов; автомобильных дорог.